Chiostro piccolo

Un portale decorato all'interno con sculture realizzate dai fratelli Cristoforo e Antonio Mantegazza ed all'esterno da Giovanni Antonio Amadeo, conduce dalla chiesa al chiostro piccolo al cui centro si trova un giardino.

Il chiostro piccolo era il luogo in cui si svolgeva gran parte della vita comunitaria dei padri: questo collegava, con i suoi portici, ambienti come la chiesa, la sala capitolare, la biblioteca ed il refettorio.

Da esso si vede il fianco ed il transetto della chiesa, con le guglie, le loggette in stile "neoromanico" ed il tiburio. Un tempo tutti i tetti erano ricoperti di rame, sequestrato durante le guerre napoleoniche per la  costruzione di cannoni.      

Monumento funebre di Ludovico il Moro e di sua moglie Beatrice d'Este; queste statue sono opera di Cristoforo Solari.

Fu lo stesso Ludovico il Moro a commissionarne l'esecuzione dopo la morte della moglie nel 1497; le sculture furono inizialmente sistemate nella chiesa milanese di Santa Maria delle Grazie, ma, nel 1564, vennero acquistate dai monaci e portate nella Certosa per preservarne la distruzione. Le tombe però sono sempre state inutilizzate, anche perché il Moro morì in Francia. Attualmente è sepolto in Francia nella Chiesa dei Padri Domenicani di Tarascona, mentre Beatrice è sepolta nella Chiesa dei Padri Domenicani di S. Maria delle Grazie a Milano.