L’altare d’argento che si trova nel transetto di destra della Basilica ha una preistoria che risale al 1319. In quell’anno infatti fu donato, con tutte le decorazioni argentee, dallo zar di Serbia Uroš II Milutin, andando a coprire la tomba del Santo nella cripta. Per i mutati gusti artistici, nel 1684 la Basilica commissionò a due artisti napoletani (Domenico Marinelli ed Ennio Avitabile) il rifacimento dell’altare. Fu così completamente fuso con altra suppellettile sacra e rifatto in stile barocco. Si è così perduto un capolavoro slavo-bizantino e se ne è creato uno barocco. Tutt’intorno vi sono scene della vita del Santo. Dopo i restauri del 1957 l'’ltare non fu ricollocato sulla tomba di S. Nicola, ma trasferito nell'abside di destra della Basilica superiore.                

La colonna nell’inferriata, che si trova nell’angolo a destra appena scesi in cripta, si trovava fino al 1953 al posto della seconda colonna a destra. È una colonna di marmo rossiccio che, nota come colonna miracolosa, da secoli attira la devozione dei pellegrini che accorrono a toccarla convinti delle sue virtù taumaturgiche.

Diversi infermi o malati, nel corso dei secoli, hanno pregato la struttura rossastra come se potesse fungere da mediatore con il Santo per le loro richieste. Inoltre, ogni 6 dicembre, diverse donne senza compagno della città di Bari si recano sul posto nella speranza di trovare marito. Inizialmente era abitudine farvi tre giri intorno seguiti da una preghiera, tuttavia alcune di loro cercarono di portarsi a casa frammenti della colonna miracolosa, creando piccoli fori e costringendo la curia a proteggerla attraverso il supporto di una gabbia in metallo. Ora, in quegli stessi pertugi, ogni ragazza vi infila un foglio con una preghiera, affinché San Nicola la legga e le porga il suo aiuto.

La facciata della Basilica di San Nicola è divisa da lesene in tre parti, con due portali laterali più piccoli ed uno centrale più grande. Al di sopra del portale centrale si trova un protiro cuspidato poggiato su colonne, rette da due buoi, sulla cui cima è collocata una sfinge. Nella parte centrale della facciata compaiono tre finestroni. La parte superiore presenta cinque bifore, tre centrali e due più piccole laterali ed è ingentilita da archetti che corrono lungo il tetto. Tra gli archetti e le bifore è collocato un rosone, piuttosto semplice, senza particolari decorazioni. Affiancano la facciata due torri campanarie possenti, diverse per altezza e dimensioni, perché realizzate con materiale di spoglio, proveniente da vecchi edifici, con l'edificio precedente a quello della basilica stessa.

La figura di San Nicola è un importante fattore di dialogo tra la Chiesa romana e quella russa, divise da secoli da forti contrasti. Putin in qualità di Presidente della Federazione Russa ha donato a Bari una statua di S.Nicola.

Unica Basilica dove si celebrano liturgie ortodosse e cattoliche.

La Basilica di San Nicola a Bari fu costruita tra il 1087 e il 1197 e ha sempre contenuto le reliquie di San Nicola (noto nel mondo anglosassone come Santa Klaus, si proprio lui, Babbo Natale). È una chiesa aperta contemporaneamente al rito sia cattolico che ortodosso, e, in parte per questa ragione, meta di pellegrinaggio annuale per persone provenienti da ogni parte del mondo. Le spoglie del santo vennero portate a Bari il 9 maggio 1087, durante la dominazione normanna, dal loro sacrario originale di Myra, in Asia Minore, nell'attuale Turchia, dopo che la città cadde in mano agli arabi.