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Non è possibile risolvere un problema con lo stesso livello di pensiero che sta creando il problema" - Albert Einstein

L'interno della chiesa appare appare completamente affrescata da soggetti votivo e devozionali. Le pitture sono catalogabili in due gruppi distinti. quelle presenti nella parte del monastero e quelli della chiesa. La chiesa presenta dipinti raffiguranti i santi Damiano, Cosma, Agata, Alberto di Villa d'Ogna. La presenza dei due santi siriani Cosma e Damiano che vengono indicati come medici che esercitavano senza retribuzione ma solo per carità, quindi oggetto di devozione contro le malattie. Il beato Alberto di Villa d'Ogna è raffigurato con gli abiti da penitente e in cammino, vicino a santa Agata raffigurata con i simboli del suo martirio: le mani legate e i seni mozzati, e un re penitente forse san Sigismondo già presente in altre abitazioni. Questo riporta la data del 1509, forse ex voto di una mamma che chiedeva più latte per il suo neonato. Il dipinto di buona fattura raffigurante la Madonna del buon Consiglio, posta sul lato del presbiterio, è oggetto di grande devozione da parte degli abitanti clusonesi.

L'interno non troppo grande, è affrescato a immagini votive della fine del Quattrocento, la particolarità del coro che ne taglia una parte, rende questi affreschi divisi: nella parte inferiore i piedi, e nella parte superiore il busto dove sono riconoscibili sant'Agostino, san Bernardino e la Madonna in trono.

Sull'altare in una cornice barocca di scuola fantoniana, vi è la tela attribuita al Domenico Carpinoni della fine del XVI secolo, che raffigura Maria che presenta a sant'Anna il suo figlio Gesù. Nella chiesa sono presenti altre due tele raffiguranti La cena di Emmaus, per tradizione attribuita alla pittrice Maria Giacomina Nazari e Sant'Anna con la Madonna di ignoto autore.

La datazione 1487 scolpita in rilievo sull'arco del portale all'ingresso della chiesa riporta la data dell'ampliamento di una piccola chiesa preesistente che risulta aperta al culto nel 1414, mentre alcuni documenti darebbero presenti nel convento le monache clarisse nel 1432. Risulta nel medesimo anno la presenza a Clusone di san Bernardino da Siena ospite presso il convento delle monache francescane.

La chiesa, a causa della pavimentazione che fu eseguita nel 1809, si ritrovò a un piano superiore rispetto l'assetto stradale, per questo motivo furono aggiunti i gradini che conducono al portale. La facciata, dopo il restauro degli anni novanta, si presenta con un portale in pietra, con l'architrave che ospita lì il bassorilievo con il trigramma di san Bernardino da Siena, e completo di lunetta a sesto acuto dove è affrescata la Nascita di Gesù, con il Bambino adorato da tre angeli, e con a fianco i santi Bernardino da Siena e Francesco d'Assisi sul lato destro, mentre a sinistra vi sono la Madonna e santa Chiara, nella parte superiore alcuni angeli reggono un carteggio che riporta la data del 1502. Il dipinto fu eseguito su commissione di Alojsio Bembo, podestà della val Seriana.

A destra del portale vi è un grande affresco di san Cristoforo, patrono dei viandanti, doveva sicuramente essere segno di buona accoglienza nel convento per i pellegrini. Sulla parte alta vi è un cartiglio datato 1525, che cita l'indulgenza per chi vuole visitare la chiesa con una frase di sant'Agostino l'ingratitudine umana secca la fonte della misericordia di Dio. Resti di altri affreschi coprono la facciata, e due finestre a sesto acuto tornati alla luce dopo i restauri dell'intera facciata portano luce all'interno dell'aula. Il fronte principale termina con le due falde del tetto molto aggettanti per poter proteggere la facciata e i fedeli.

La chiesa di Sant'Anna è un luogo di culto cattolico, si trova nel comune di Clusone in val Seriana provincia di Bergamo sull'omonima piazza nel centro storico del paese, faceva parte del complesso chiamato La corte di sant'Anna, che ospitava il convento e il chiostro delle suore Terziarie francescane.