Il pavimento è un altro particolare di grande rilevanza storica e archeologica: per pavimentare la cripta i romani utilizzarono il lastricato dell’antico foro romano; e così il cuore della chiesa di San Sepolcro, cioè la cripta, racchiude ancor oggi una delle testimonianze più antiche della storia della città e così noi possiamo camminare sulle stesse pietre che furono milleseicento anni fa calpestate da Costantino, da sant’Ambrogio, da sant’Agostino e dall’imperatore Teodosio, e vedere i solchi lasciati dai carri che percorrevano il centro della Milano romana, e non macano i fossili risalenti al periodo giurassico.

cripta venne scelta da san Carlo Borromeo come personale luogo di preghiera.
Spesso passava intere notti qui, in quella che lui stesso defini’ “la palestra dello Spirito Santo”, in adorazione del simulacro del sepolcro di Cristo. Per questo motivo, dopo la sua canonizzazione, venne posta una statua in terracotta che lo raffigura inginocchiato davanti al sarcofago.

Una storia lunga millenni rivive nella Cripta di San Sepolcro: Leonardo da Vinci ne disegnò la mappa e ne studiò l’architettura armoniosa, identificando in questo luogo il vero centro della città di Milano, San Carlo Borromeo la definì “la palestra dello Spirito Santo”, gli antichi Romani venivano qui per incontrarsi, fare acquisti e discutere di politica.