Al disotto del presbiterio si trova la cripta del IX-X secolo, raggiungibile tramite una doppia rampa di scale ed avente come ingresso una piccola finestra ad arco da cui è possibile vedere la cripta senza accedervi. La cripta è a tre navate e coperta con volte a crociera sorrette da quattro colonnine con semplici capitelli geometrici. Sul pavimento, vi sono gli antichi mosaici, risistemati nel 1977; tra questi un'iscrizione che ricorda l'originaria destinazione dell'ambiente, ovvero quella di accogliere le spoglie del vescovo Neone.

Trovandosi sotto il livello del mare l'acqua invade la Cripta come fosse una piccola piscina, dove nuotano anche diversi pesci creando un bellissimo effetto suggestivo.

Dietro la finestra di accesso alla cripta si trova il marmoreo sarcofago di Neone, vescovo di Ravenna nella seconda metà del V secolo e costruttore dalla primitiva chiesa del V secolo.

All'interno della chiesa, sono presenti vari reperti antichi.