Nel 1287 la chiesa fu sede di conclave: qui, nell'aprile di quell'anno, si riunirono i cardinali alla morte di papa Onorio IV per eleggere il successore. Quell'anno Roma fu colpita da una terribile epidemia di malaria, che fece sei morti anche tra i cardinali in conclave. Gli altri porporati, presi dal terrore del contagio, abbandonarono la chiesa. Solo uno rimase a Santa Sabina: il cardinale Girolamo Masci. I cardinali tornarono a riunirsi a Santa Sabina solo il 22 febbraio 1288 e quello stesso giorno elessero - forse come premio allo stoicismo del cardinale che da quel palazzo non si era mai mosso - Girolamo Masci che prese il nome di papa Niccolò IV.
Santa Sabina è la prima stazione quaresimale, dove il papa presiede la messa del mercoledì delle Ceneri al termine di una processione penitenziale, che dal 1962 parte dalla vicina chiesa di Sant'Anselmo all'Aventino (originariamente la processione partiva dalla basilica di Sant'Anastasia al Palatino). Non si conoscono con precisione i motivi per cui sia stata scelta Santa Sabina: alcuni pensano che il papa, in vista delle fatiche quaresimali, si ritirasse lassù per alcuni giorni di riposo. La scelta potrebbe anche essere riconducibile alla forte salita - simbolo degli sforzi necessari alla “salita” verso la perfezione spirituale dell'anima - che doveva percorrere, per raggiungerla, la processione che partiva dalla basilica di Santa Anastasia.























