Al centro del transetto della basilica, sotto l'arco trionfale, si trova il ciborio, opera mirabile in stile gotico di Arnolfo di Cambio che lo realizzò per volere dell'abate Bartolomeo nel 1285 in collaborazione con un tal socius Petrus (ipoteticamente identificato con Pietro di Oderisio[27]). Realizzato in marmo, è costituito da un'edicola gotica sorretta da quattro colonne corinzie in porfido rosso (sostituite nei restauri ottocenteschi) che ha alla base, in corrispondenza dei lati, quattro cuspidi che si aprono verso l'interno con degli archi a sesto acuto.
Ai quattro angoli dell'edicola, entro delle nicchie sormontate da cuspidi triangolari, vi sono le statue di San Paolo, San Pietro, San Benedetto e San Timoteo. In alto, l'opera scultorea termina con un'alta cuspide sormontata da una croce dorata e sorretta da un piccolo loggiato con aperture di foggia gotica. Nel periodo immediatamente successivo alla riapertura della basilica ricostruita dopo il disastroso incendio del 1823, il ciborio venne coperto da un ampio baldacchino in stile neoclassico, poi demolito. Nei pressi del ciborio, si trova il candelabro del cero pasquale, realizzato da Pietro Vassalletto e Nicolò D'Angelo nell'anno 1170 e raffigurante scene della vita di Gesù alternate a motivi floreali.
Dinnanzi all'altar maggiore, vi è la Confessione, posta ad una quota più bassa rispetto alla navata centrale ed accessibile tramite due scale in marmo. Fino ai restauri del 2002, essa era utilizzata per la Messa feriale e vi era un altare addossato alla parete su cui poggia il ciborio gotico. Dopo i restauri suddetti, l'altare è stato demolito per lasciar spazio all'attuale apertura quadrangolare che permette di vedere sia il sarcofago dell'apostolo Paolo, sia l'abside della basilica costantiniana, che aveva orientamento inverso rispetto all'attuale.



















