La basilica di San Paolo fuori le Mura presenta una pianta a croce latina; l'aula è divisa in cinque navate, separate da quattro file di 20 colonne monolitiche di granito di Montorfano, e prive di cappelle laterali. Il rivestimento delle pareti, come quello del pavimento, è in marmi policromi che compongono motivi geometrici. Lungo le due navate laterali più esterne, il transetto e la navata centrale si aprono i grandi finestroni ad arco a tutto sesto, chiusi con sottilissime lastre di alabastro sorrette da elaborate intelaiature in ferro battuto. Nella fascia immediatamente sopra gli archi che dividono le navate, vi è la serie dei tondi contenenti i ritratti di tutti i pontefici, da San Pietro fino a papa Francesco. Realizzati con la tecnica del mosaico e su sfondo oro, furono iniziati nell'anno 1847, durante il pontificato di Pio IX. L'idea di questa serie di tondi ha le radici nell'antica basilica, poiché erano presenti anche in quest'ultima seppure dipinti. Attualmente i tondi sono 265 e i ritratti sono di fantasia; solo i papi a partire dal XVI sec. mostrano fattezze realistiche. Poiché secondo una leggenda Cristo ritornerà quando non vi sarà più spazio sufficiente per un nuovo medaglione, sotto Giovanni Paolo II essendovi solo ancora tre medaglioni liberi, furono realizzati altri 25 tondi, per cui attualmente vi sono 26 medaglioni liberi.